遺産分割協議書について

ご質問のケースでは不動産が祖父名義のままということで、祖父の遺産分割協議も行う必要があります。
複雑にはなりますが、祖父の遺産分割協議をし父の相続分を確定させたうえで、父の遺産分割協議を行うこととなります。
このため、遺産分割協議には祖父の相続人（亡くなっている場合は相続人の相続人）、父の相続人が参加することとなります。
この二つの遺産分割協議を一の遺産分割協議書にまとめることも可能です。

また、次男の相続放棄についてですが、相続放棄をする場合は相続の開始があったことを知った日から三ヶ月以内に家庭裁判所に申し立てをしなければなりません。
相続放棄をせずに遺産を相続しないだけであれば、何も相続しない旨を遺産分割協議書に記載し署名、押印します。

相続放棄と何も相続しないでは法律の扱いが異なります。

遺産分割協議書はご自分での作成も可能ですが、事案が複雑ですので、早急に専門家にご相談されることをお勧めいたします。

遺産分割協議書はご自分で作成は可能です。
今回は二回、遺産分割協議をする必要があります。
不動産がおじい様の名義とのことですので、まずおじい様の相続人がどなたになるのか、戸籍を追って調べ、おじい様の相続人間で遺産分割協議をして、お父様が相続をしたら、二回目はお父様の相続財産を弟さんとの二人で遺産分割協議をします。

相続人が誰になるのか戸籍をさかのぼって取っていく必要があります。
遺産分割協議書には、相続を放棄する。ではなく
不動産（土地・建物）を登記された地番通りに記載し、だれだれが相続する。と記載してください。